先天性脊髓空洞症的治疗方法，一般需要用外科手术的方式进行治疗。首先需要明确其具体的发病原因，由于脊髓空洞症一般以颈部和腰骶部最为常见。如果患者的脊髓空洞症发生在颈部，则与其颅内的肿瘤或者是患者的枕骨的畸形有关。如是发生在骶尾部的脊髓空洞症，则与脊髓栓系有一定的关系，这些先天性脊髓空洞可明确病因，只有通过手术治疗的方式处理。如患者的空洞是由于颅内肿瘤压迫所造成，则需要通过开颅手的方式术切除其肿瘤给予治疗。如空洞是由于枕骨大孔畸形所造成的，则需通过开颅将枕骨大孔磨除并修复后再给予相应的治疗。如是由于脊髓拴系畸形所造成的脊髓空洞，则需要在现代显微外科手术下将神经与脊髓拴系分离，从而对症治疗脊髓空洞症，避免疾病进一步的发展。