三个多月的宝宝咳嗽，主要是由呼吸道感染引起的。呼吸道感染，可以是病毒，细菌，衣原体，支原体等这些微生物感染。如果由微生物感染引起的咳嗽，首先要针对微生物进行治疗。如果是病毒引起的，要抗病毒治疗。如果是细菌引起的，要抗细菌治疗。衣原体、支原体感染引起的，要抗衣原体、支原体感染治疗。还可以加用止咳化痰的药，对宝宝的咳嗽能够起到帮助作用。当然合理的饮食，让宝宝多喝水，休息，对宝宝的咳嗽对治疗也是很大的帮助。