常用的药物有喹诺酮类，如氧氟沙星，环丙沙星或左氧氟沙星。半合成的青霉素类，如阿莫西林。头孢菌素类，如头孢呋辛等。对于病情较轻的肾盂肾炎的患者，可以在门诊口服药物治疗，疗程10到14天。治疗14天后，通常90%可以治愈。而对于有严重的感染全身中毒症状明显的肾盂肾炎的患者，需要住院治疗。应静脉给药，常用的药物，如氨苄西林，头孢噻肟钠，头孢曲松钠，左氧氟沙星，必要时需要联合用药。氨基糖苷类的抗生素肾毒性大，应慎用。经过上述的治疗，若好转，可以热退后继续用药三天，再改为口服抗生素，完成两周的疗程。