奥美拉唑肠溶胶囊主要用于治疗酸相关性疾病，比如糜烂出血性胃炎，胃溃疡，十二指肠溃疡，反流性食管炎，以及胃泌素瘤。同时奥美拉唑肠溶胶囊如果联合枸橼酸铋钾片，以及联合某些抗生素，比如呋喃唑酮，甲硝唑克拉霉素等等，也可以用来根除幽门螺杆菌。奥美拉唑肠溶胶囊在治疗胃溃疡中，疗程为4周到8周的时间；在治疗十二指肠溃疡中，疗程为4周到6周；在治疗反流性食管炎中，疗程为4周到8周的时间。