三九胃泰长期服用的副作用主要有口腔异味、腹痛、腹泻、恶心、呕吐等胃肠道反应。还可能发生过敏反应，轻者为药疹、荨麻疹，重者为过敏症。曾经有发生短暂性中枢神经系统副作用的报告，包括焦虑、头昏、失眠、幻觉、噩梦或意识模糊。