肛门囊肿也就是临床上常说的肛周脓肿。对于表浅的脓肿患者，可以选择口服抗凝药物，一般常用的广普的抗凝药物，如第三代头孢菌素、头孢克肟等；对于范围相对较大的脓肿还需要联合用药，一般选择第三代头孢菌素、氨基糖苷类抗生素，以及抗厌氧菌的药物，常用的药物有头孢唑啉舒巴坦、头孢曲松、头孢唑喃、甲硝唑、奥硝唑、硫酸依替米星、左氧氟沙星等。此外对于肛周脓肿，局部还可以应用金黄膏、四黄膏以及入玉露等。另外，对于脓肿压力较高，引起疼痛较为明显的患者，还可应当给予及时的手术处理。常用的手术处理方式包括抽脓减压，这只是暂时性的处理方式，不能够代替手术。切开排脓，可以在局麻下进行，也是一种急诊处理方式，有可能还需要二次手术，找出内口，待瘘管形成后行根治性的切除。而对于根治性的手术是目前比较推广的手术方式，患者可以通过一次性的手术解决所有的问题，术中需要采取半切割的挂线放置引流管，以不切断肛门的直肠环，而使脓腔愈合。