奥利司他胶囊的副作用就是常见的不良反应。最常见的不良反应就是油腻性的斑点和胃肠道排气的增多、大便的紧急感、脂肪性的大便、脂肪泻，大便次数增多和大便失禁。随着膳食中脂肪成分的增加，发生率也会相应的增高，大部分病人用药一段时间以后会有所改善。较多出现的胃肠道急性反应有腹痛、腹部不适，胃肠胀气，水样便、软便、直肠痛和直肠部不适，牙龈部也有可能出现不适、不舒服。比较少见的上呼吸道、下呼吸道的感染、流行性感冒、头痛、月经失调、焦虑、疲劳，还有泌尿道的感染。