细菌性阴道病的治疗主要选用抗厌氧菌药物，主要有甲硝唑、替硝唑、克林霉素。甲硝唑可抑制厌氧菌生长而不影响乳杆菌生长，是较理想的治疗药物。根据情况可选择局部或全身用药。 另外需要主要的是准备进行宫腔手术操作或子宫切除及有症状的妊娠期患者即使无症状也需要接受治疗。 细菌性阴道病复发者可选择与初次治疗不同的抗厌氧菌药物，也可试用阴道乳杆菌制剂恢复及重建阴道的微生态平衡。