枯草芽孢杆菌在临床上多见于治疗肠道菌群失调而引起的腹泻、腹胀、便秘或者消化不良等疾病的药物中。例如治疗小儿腹泻胀气的药物妈咪爱就含有枯草芽孢杆菌。枯草芽孢杆菌可以直接补充正常的肠道生理菌群，从而抑制致病菌，促进营养物质的消化吸收，还可以抑制肠道内毒素的产生和吸收。因此达到恢复肠道正常菌群、调节肠道消化吸收和蠕动功能的目的。在使用枯草芽孢杆菌的制剂时要注意，大多数这些制剂中含有的都是枯草芽孢杆菌活菌粉末，因此一定不能用太烫的水送服否则会杀灭这些活菌，一般水温在37摄氏度左右是最合适的。