龙牡壮骨颗粒部分患者会有副作用。多数患者主要有轻微胃肠道反应，比如轻微恶心以及腹泻等，但只有少数患者可能出现。宝宝服用龙牡壮骨颗粒后一旦出现上述副作用，建议家长及时给宝宝停止服用，可以适当喝温开水，不适症状通常会逐渐消失，一般不会给宝宝造成严重损伤。出现轻微胃肠道不良反应的宝宝还可以改为饭后服药，可以降低胃肠道不良反应发生率。极少数患者可能会出现皮疹以及瘙痒等不良反应，长期或过量服用会增加不良反应发生频率与程度。服药期间应多晒太阳，多吃含钙的食品。