免疫力健全的成年人感染巨细胞病毒后，一般不会出现后遗症，但是免疫力低下的人群或者新生儿先天性巨细胞病毒感染，病情比较严重，可引起多种并发症。新生儿先天性巨细胞病毒感染，可引起脉络膜视网膜炎、小头畸形、视力减退、运动障碍、智力迟钝、听力减退、精神失常、运动失调等神经系统后遗症。免疫力低下的人群，如艾滋病人群感染巨细胞病毒，可引起角膜炎、大脑病变，甚至可出现致死性的间质性肺炎，病死率高达85%以上。巨细胞病毒感染与某些癌症密切相关，如尿路上皮癌、人脑胶质瘤、宫颈癌、结直肠癌、胶质母细胞瘤，也与颅咽管瘤的发生、发展有一定的关系。