干扰素常见的不良反应有感冒样的症状，例如发烧、头痛、寒战、乏力、肌肉酸痛、关节疼痛等等，部分病人可以出现厌食、恶心、腹泻、呕吐、白细胞减少、血小板减少、转氨酶增高，停药后就可以恢复正常。偶尔有失眠、皮疹、脱发、血压升高或者是降低、耳鸣、视力下降、神经系统功能紊乱等等不良反应，多为一过性和可逆性反应，常出现的用药的第一周，不良反应多在注射48小时后消失。如果发生中等程度甚至严重的不良反应，可以考虑调整患者的用药剂量或者是停止用药，一旦发生过敏反应，应该立刻停止用药。