子宫内膜异位症的最主要临床症状是痛经，一般痛经多年以后，就有子宫内膜异位症的可能，一般表现为进行性渐进性痛经，痛经越来越严重，有时甚至无法耐受。子宫内膜异位症患者如果有后穹隆道格拉斯窝结节，一般会有性交痛症状，甚至会牵涉到肛门坠痛。子宫内膜异位症有时有月经异常表现，尤其有巧囊的患者，有时会有月经经期延长、淋漓不尽等月经异常表现，与卵巢功能受损有一定关系。子宫内膜异位症也常常伴有不孕，据统计大约40％左右的子宫内膜异位症患者不孕，这些是子宫内膜异位症的主要临床症状。