只有耐药性肺结核的痰菌转为阴性的时候，患者才不具有传染性，所以没有具体的时间。预防耐药性肺结核发生的最佳策略是加强实行全程督导化学治疗，使初治涂阳的病人在良好管理下达到高治愈率。另外，加强对耐药性肺结核的及时发现并给予合理的治疗，以阻止其传播。耐药性肺结核的合理治疗方案是详细了解病人的用药史，尽量做药敏试验，严格避免只选用一种新药加入到原失败方案当中，不使用交叉耐药的药物。治疗方案当中至少含四种二线的敏感药物，至少包括吡嗪酰胺、氟喹诺酮类、注射用卡那霉素或阿米卡星、乙硫或丙硫异烟胺、PAS或环丝氨酸等，强化期应为9-12个月，总治疗期为20个月或者更久。以治疗效果决定停药时间，监测治疗效果最好的方式是痰培养。