考勤卡能作为加班证据，考勤卡的证据效力大于加班制度的证据效力。根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释(三)》第九条的规定：劳动者主张加班费的，应当就加班事实的存在承担举证责任。但劳动者有证据证明用人单位掌握加班事实存在的证据，用人单位不提供的，由用人单位承担不利后果。