肛周脓肿的治疗方法主要就是通过非手术的保守治疗。另外通过手术的方法进行治疗，非手术的保守治疗主要就是抗生素药物的对症治疗，可以口服抗生素药物，也可以静脉输注抗生素药物，还可以在肛门的局部进行消毒剂的涂擦，然后使用抗生素软膏进行涂抹，一般是以对症的治疗为主，起不到彻底治疗的效果。肛周脓肿主要还是通过手术进行治疗，手术的方法分为切开引流的手术以及根治性的手术。切开引流的手术就是在脓肿波动感最强的位置进行切口，将脓液排出，临时性地缓解疼痛。根治性的手术是一次性切除原发的感染内口，清除坏死的组织，最大程度上降低术后复发的几率。