灰指甲是由真菌感染引起来的，常常是患者从外界感染或者是自身患有手癣、甲癣，而手癣、甲癣又可以导致指甲的感染。真菌可以产生一种间隙性的酶来破坏指甲，这是原发性的指甲感染。在外伤以后指甲或者其他的甲，用药不良或者其他系统疾病导致甲损害的基础上，可以再继发真菌的感染，这叫做继发性的甲真菌病。这种病常常发生在抵抗力低下的患者身上，比如糖尿病的患者、甲外伤、循环功能不良、贫血的患者，或者是做过指甲部的美容治疗，还有就是指甲部不正规的使用外用药物，都可以导致指甲部的损伤。