肝素钠和肝素钙在药理毒理以及用法用量和不良反应、禁忌症上面都有区别。肝素钙皮下注射以后一般不会减少细胞间毛细血管中的钙胶质，不会改变血管的通透性；肝素钠就很容易导致出现有异常出血的副作用。肝素钠的生物利用度比较低，肝素钙的生物利用度就比较高，而且吸收也比较好，通常局部反应比较少；肝素钙的价格也比较高。因此，可以根据患者的病情等各方面情况，选择合适的药物，并注意观察药物的不良反应。