南京南站到南京站坐地铁3号线，全程约15.4公里，从南京南站乘坐地铁3号线，经过12站，到达南京站。

地铁经过的站有新庄·南京林业大学、鸡鸣寺·南京市政府、浮桥·玄武区政府、大行宫、常府街、夫子庙、武定门、雨花门、卡子门、大明路、明发广场。