在临床上扁平疣的治疗可以使用抗病毒的药物和提高机体免疫力的药。抗病毒药物以外用药为主，包括喷昔洛韦软膏、干扰素软膏等等，口服抗病毒的药有更昔洛韦等等。提高免疫力的药物，可以口服转移因子口服液，或者是胸腺肽口服液。另外也可以使用冷冻或者是电灼、激光治疗。