手指甲凹陷，除了考虑先天发育异常之外，就要看有没有微生素或者微量元素缺乏引起。还有可能是外伤引起，也有些是灰指甲导致。可以到医院化验微量元素，还有血常规，看有没有贫血，是否缺铁，缺锌，缺钙的情况，根据情况酌情治疗。如果是缺乏微量元素，要给予相应的补充。如果确诊是灰指甲，需要使用抗真菌的药物进行治疗。