大便出血后肛门疼痛，可以通过以下几个方面进行治疗：1、如果是痔疮导致的，患者可以在医生的指导下，合理的使用痔疮膏、痔疮栓等药物进行治疗。如果症状比较严重，也可以及时到正规医院的肛肠科，通过微创手术切除的方式进行治疗。2、如果是便秘引起的，可以使用开塞露进行治疗。同时也要服用润肠通便的药物进行辅助治疗，例如乳果糖口服液、麻仁润肠丸等。3、如果是肛裂造成的，可以先使用0.02%的高锰酸钾溶液坐浴进行缓解。也可以通过肛门内括约肌切断术的方式进行治疗。