龟头有小水疱最常见的原因是由于生殖器疱疹所导致的。生殖器疱疹的病毒它潜伏在体内，有性接触以后附着在龟头表面生长，出现了针尖大小的小水泡。如果小水疱溃破溃，形成渗液表面有糜烂，然后过段时间渗液消失，糜烂也恢复，水泡了就消失了。这种情况是容易反复发作，在机体抵抗力下降的时候就容易发生。一般确诊是抽血查生殖性疱疹2型，如果疱疹病毒IgM阳性的表示近期有感染，或者是取疱液做病毒的DNA 检测。如果是检测阳性，明确的诊断，主要是以抗病毒治疗为主。一般常用的阿昔洛韦、更昔洛韦，伐昔洛韦的抗病毒的药，口服药外用也可以先用些用抗病毒的软膏，或者是一些滴眼液，抗病毒的滴眼液也可以用在疱疹表面，具体的治疗方案请患者及时就医。