巧克力囊肿是否需要做手术，需要结合囊肿大小和临床症状。部分巧克力囊肿可能没有临床症状，而是在体检的时候发现。如果不大于5个厘米，建议观察或者是口服药物治疗。大多数巧克力囊肿会出现痛经，并且表现为进行性痛经加重，大于5厘米，有的甚至可以导致不容易怀孕，建议手术治疗。可以在腹腔镜下微创手术或者是开腹手术。