男人小便时尿道刺痛的原因如下：一、尿道炎，尿道炎一般分为淋菌性尿道炎以及非淋菌性尿道炎，尿道炎患者除了小便时尿道刺痛，还可能出现阴茎肿胀，尿道口有白色分泌物。二、尿路感染，常见的是急性膀胱炎，炎症刺激膀胱会出现尿频尿急尿痛，在排小便的时候，尿道会有刺痛感或者尿道有烧灼样疼痛。