肛窦炎在早期的时候主要的症状就是有肛门的异物感，或者是产生肛管的下坠感，还有一部分患者会出现里急后重感，并且会伴有疼痛的发生。如果局部分泌物增加的还可能会出现肛门瘙痒等临床症状。在急性期的时候，如果有脓液形成的或者是肛窦周围的粘膜组织有溃破糜烂的，还可能会伴有脓性或者是脓血性的分泌物。另外就是在排便的时候，肛门疼痛的症状尤其地明显，而且定位较为准确，主要就是多发生在肛门的后位，如果治疗不及时的情况下，可能会伴有肥大肛乳头以及发展成肛乳头瘤的情况，或者导致肛周脓肿的发生。