南京同仁堂和北京同仁堂是两家独立的企业，彼此之间没有直接的股权关系。

南京同仁堂是江苏同仁堂药业股份有限公司的前身，成立于1951年，是一家以中药制剂生产为主的企业。南京同仁堂在江苏、上海、浙江等地设有多家分支机构，主要生产中成药、保健品和医疗器械等产品。

北京同仁堂则是北京同仁堂股份有限公司的前身，成立于1669年，是中国历史最悠久的中药企业之一。北京同仁堂在全国范围内拥有多家生产基地和销售网络，主要生产中成药、中药饮片、保健品和医疗器械等产品。

虽然南京同仁堂和北京同仁堂没有直接的股权关系，但两家企业都是同仁堂品牌的代表，都秉承着中药传统和现代科技的理念，致力于提供高质量的中药产品和服务。