三个月宝宝拉肚子可以吃妈咪爱、乳酸菌素、蒙脱石散等药物治疗，宝宝三个月时正是母乳期，如果这个时候母亲不注意饮食的情况，经常吃生冷、刺激、不容易消化的食物，会导致宝宝出现拉肚子的表现。当宝宝出现腹泻时可以服用妈咪爱，能缓解肠道菌群紊乱引起的消化不良、食欲不振、腹泻、便秘、腹胀等表现。宝宝消化不良还容易出现肠内异常发酵的情况，可口服乳酸菌素颗粒，药物主要是乳酸菌素制成的一种制剂，服用后能提高肠道的免疫力，促进有益菌生长，同时能缓解腹泻的症状。如腹泻的症状比较明显，可以口服蒙脱石散，这属于冲剂类药物，给宝宝服用后能起到吸附止泻的作用。治疗期间母亲应该清淡饮食，多吃富含营养、有利于消化的食物，也可防止宝宝症状加重。