复方鳖甲软肝片有副作用，但相对较小。如果长期使用，偶尔可见轻度消化道反应，一般可自行缓解。药物需肝脏代谢和解毒，长期服用复方鳖甲软肝片势必会增加肝脏负担，不利于患者康复。就会出现乏力、恶心、呕吐、等胃肠道反应。复方鳖甲软肝片一般孕妇不宜服用，怀孕后身体分泌酶会改变，对药物的代谢就会产生影响，尤其是早期的时候更要注意，对胎儿影响是很大的。