卵巢囊肿手术后是否会影响怀孕，主要看术后的病理情况，如果是良性的卵巢囊肿，比如浆液性卵巢瘤，畸胎瘤等，一般是不会影响卵巢功能，也就不影响以后怀孕。卵巢囊肿一般采用腹腔镜下微创手术，尽量采取剥除囊肿，最大程度地保留正常的卵巢组织，这样就不会影响卵巢的功能，不影响卵泡的发育，也不影响以后怀孕。但是，如果囊肿较大或者是生长部位不好，手术中破坏了较多的卵巢正常组织，这样就可能会或多或少的影响卵巢功能，影响以后怀孕。另外，如果是恶性的卵巢囊肿，比如卵巢癌，就可能需要切除子宫及双侧的附件，没有卵巢，就不能有成熟的卵子，没有子宫也无法孕育生命，这样就没有办法怀孕，所以要根据术后的病理情况，来判断是否会影响以后的怀孕。