巧克力卵巢囊肿手术后可以吃抑制月经来潮的药物防止复发，临床上常用药物有复方短效避孕药、人工合成的高效孕激素，在排除禁忌症的情况下，一般需要持续使用6~9个月。但是持续用药有一定的副作用，比如恶心、呕吐以及血栓形成的风险。目前临床上使用较多的针剂有GnRH-a类药物，比如亮丙瑞林，根据病情的严重程度决定用药的次数，用药后也有一定的副作用，比如潮热、阴道干涩、骨质疏松和性欲减退。不管使用哪一类的药物，都需要在当地医院医师的指导下使用，不能擅自用药，以免给自己带来不良后果。