建议尽早给予抗疱疹病毒类药物治疗，其中阿昔洛韦最为常用，并有静脉、口服、外用多种制剂，泛昔洛韦、伐昔洛韦为其类似物，口服制剂生物利用度比阿昔洛韦高，临床应用更为广泛。此外，还可选用溴夫定、膦甲酸钠。可以联合干扰素、胸腺肽、转移因子、甘露聚糖肽等增强细胞免疫的药物，外用西多福韦凝胶、喷昔洛韦霜、阿昔洛韦霜、膦甲酸液等。目前尚无彻底根除生殖器疱疹的方法，治疗只能减少复发的可能性。