在临床上，对于肛瘘的判断，一般有以下几种方式：第一，影像学检查，比如盆腔的CT以及核磁共振，有时候还可以做腔内的超声检查，现在临床上的影像学检查特别是核磁共振，不只是可以诊断肛瘘，还可以了解到瘘管的走形以及部位，还可以明确内口的大致部位，对于肛瘘的治疗非常有帮助。第二，探针检查，探针检查可以明确肛瘘的外口，瘘管走行以及内口位置，但是探针检查有一定的损伤性，有可能会形成假阳性。第三，症状，体征，病史，如果患者既往得过肛周脓肿，在后期出现破溃口，间断性的疼痛，肿胀，流脓，可以考虑诊断肛瘘。