在灰指甲的治疗当中，首先应用抗真菌药物。抗真菌的药物分为外涂以及口服，常用外涂的抗真菌药物有阿莫罗芬、环吡酮、碘酊、冰醋酸溶液、噻康唑溶液等。常用口服抗真菌药物有伊曲康唑、特比萘芬、氟康唑。一般在外涂抗真菌药物时，建议患者首先用小刀以及指甲锉尽量的把病甲削薄。在治疗过程中由于指甲会再慢慢生长，所以要经常保持指甲比较薄的状态。患者还可配合中医中药口服、外洗、外涂，也可协同配合物理治疗的方式进行治疗。