部分结石小于0.6厘米、结石形状规则、输尿管通畅者，可先试用药物治疗结石。药物要在专业医生指导下使用。常用药物：1、枸橼酸盐制剂：如枸橼酸钾、枸橼酸钠和枸橼酸氢钾钠，其中最常用的是枸橼酸氢钾钠；常用于治疗尿酸结石；机制为碱化尿液，增加尿酸溶解度，抑制内源性结石形成。2、噻嗪类利尿剂：如氢氯噻嗪；主要用于高尿钙伴有肾结石者；其主要是促进钙的重吸收，减少钙离子在尿内的堆积。其他治疗结石的药物还有如坦索罗辛、特拉唑嗪、乙酰半胱氨酸等。