真菌感染多数情况下应用口服或外用抗真菌药物可以根治，但需要足够疗程。不同的真菌感染的临床疾病，治疗方法有所不同，具体如下：1、甲真菌病或灰指甲，感染指甲数量只有1-2个时可外用阿莫罗芬搽剂等药治疗，多个指甲受累时需口服抗真菌药物，如伊曲康唑或特比萘芬，疗程一般为3-4个月；2、手足癣，可口服、外用抗真菌药物，疗程为2-4周；3、体癣、股癣，口服抗真菌药物的疗程为2周，外用抗真菌药物的疗程为3-4周；4、头癣，需口服、外用抗真菌药物，疗程为4周；5、花斑癣或霉菌性阴道炎，患者需口服抗真菌药物，疗程为1周。