卵巢巧克力囊肿可以选择短效避孕药、孕激素、米非司酮、孕三烯酮或者皮下注射促性腺激素释放激素激动剂，也就是GNRHA或者是宫内戴曼月乐环儿都是可以的，巧克力囊肿，它是卵巢上的子宫内膜异位症，现在的专家共识认为，对于子宫内膜异位症来说，主要是针对症状的治疗，如果说您的巧囊不大只有痛经的症状，您可以在痛经时口服止痛药物就可以，如果说术后为了预防巧囊的复发或者是巧囊长到一定的程度，想要抑制它的生长，可以口服米非司酮孕三烯酮，如果是40岁以前的女性，还可以口服短效避孕药，现在也有那种比较好的孕激素，比如地诺孕素等等都是可以的。如果说没有生育要求，在子宫佩戴一个曼月乐环也可以起到抑制巧克力囊肿生长的作用。同时如果说术后预防复发，还可以皮下注射GNRHA，但是这种药物一般疗程是半年左右，半年以后再采用其他的药物治疗。