阴茎里面隐隐作痛的原因如下：1.如果阴茎部位遭受过外伤或者是在性生活时动作过大，会导致阴茎内部的一些软组织出现损伤，就可导致阴茎内隐隐作痛，通常不伴有其它不适症状。2.如果还伴有尿道内烧灼感，龟头疼痛、肿胀、脓性分泌物等症状，可能为尿道炎疾病所引起，主要是不洁的性生活所导致，需要使用抗生素类药物进行治疗。3.如果男性存在包皮过长，包皮内包皮垢过多，就可引发龟头炎，致病菌会经尿道口进入到尿道内部，就会引起阴茎里面隐隐作痛的症状。