对于肛瘘，一般是通过临床症状和临床体征来综合判断。肛瘘的典型症状，其实就是间断发作的外口出现红肿，疼痛，破溃，流脓，因为肛瘘只要内口开始炎性反应，会出现瘘管的脓液或者渗出，等到压力过大就会撑开外口，脓液排出，症状在减轻，如此反复循环。另外，因为外口有脓液流出会形成肛周的潮湿，瘙痒，以至于患者坐立不安。另外如果查体会发现外口处按压有疼痛，有时候按压外口周边会有脓液从外口流出。另外外口到肛门内，按压会有一个条索状的瘘管，慢慢向肛门内延伸。