先天性巨结肠采用什么手术方式，应视患儿年龄及全身情况而定。1岁以内的婴儿因盆腔狭小，操作困难，再加上全身情况差，不能承受大范围伤害大的手术，所以先采取乙状结肠或横结肠造瘘术。缓解便秘症状，避免发生肠炎。待1-2岁后或体重达到15kg左右，全身情况较好时行根治手术。根治手术是将失去蠕动功能和扩张的肠管切除，然后行结肠直肠吻合术。不仅可以恢复肠道功能，还可保存直肠的排便反射，所以手术效果较好。这种手术方式可通过腹腔镜进行，算是一种微创手术。