复方甲氧钠敏胶囊主要的副作用有以下几方面：一、可能会导致皮疹、皮肤发红、瘙痒等。二、有可能会引起胃肠道的反应，包括恶心、呕吐、食欲不振等。三、还可能会引起嗜睡。复方甲氧那明当中含有马来酸氯苯那敏，此药具有一定的镇定作用，可能引起嗜睡的现象。四、还可能会引起口干、眩晕、心悸、排尿困难等。需要指出，复方甲氧那明虽然可能会引起上述这些不良反应，但是大多数情况下不良反应比较轻，停药以后可以逐渐得到缓解。但是也不排除少数情况下可能会出现较重的不良反应，使用此药时，也需要注意观察上述不良反应的情况。