引起肛门大便时疼痛的原因有很多，常见的有以下几种：一，如果患者存在肛管直肠恶性肿瘤，随着肿瘤体积的增大，粪便刺激有时会导致疼痛，通过直肠指诊以及直肠镜检查可以协助诊断。二，如果患者既往存在痔疮病史，痔核反复脱出肛门，出现嵌顿、水肿，痔静脉淤血形成血栓，表现为肛门周围质硬、色紫的包块，触之伴疼痛。三，如果患者得了肛裂，粪便刺激肛裂的创面会引起排大便时疼痛，便后由于肛门括约肌痉挛收缩，还会使疼痛进一步加剧。四，如果患者肛腺感染后形成肛周脓肿，用力排便时也会引起疼痛。