男性肾部有点疼痛，考虑存在以下几方面原因：首先，考虑泌尿系感染。主要以肾盂肾炎病变为主，该病变常见于大肠杆菌逆行感染导致，受病变影响出现肾区疼痛，出现尿频、尿急等临床表现。病情严重的还可能出现脓尿症状。其次，考虑结石性病变。包括肾结石、输尿管结石等，由于结石在肾脏内活动，从而出现肾区疼痛情况，多伴随尿频、尿急以及肉眼血尿等症状，通过泌尿系B超检查可以明确病情。最后，考虑是否存在腰部病变。例如腰肌劳损、腰椎间盘突出等，这些病变也可能导致出现肾部疼痛的症状。建议能够去医院检查确诊病情，然后再针对性治疗。