没有症状的肝胆管结石可以不用治疗，定期观察随访就可以。临床症状反复发作的患者应该行手术治疗，手术的原则就是尽可能的曲靖结石，解除胆道的狭窄以及梗阻，去除结石部位以及感染的病灶。恢复和建立通畅的胆汁引流防止结石的复发。手术方法包括：第一胆管切开取石，这是最基本的方法应该争取切开狭窄的部位，沿胆总管向上切开甚至可以达到二级胆管，直视下或通过术中胆道镜取出结石直到取净。第二治疗方法就是胆肠吻合术术，对于不能作为替代胆管狭窄结石病灶的一种处理方法。第三种治疗方法就是肝切除手术，肝内胆管结石反复并发感染，引起局部的肝的萎缩纤维化以及功能丧失可以行肝的部分切除手术，此外术中还可以采用一些辅助措施。例如胆道镜，超声以及碎石，肝内胆有结石手术后的结石残留较为常见，约有20%到40%，因此后续治疗对于减少结石残留有重要作用，术后治疗措施包括经引流管斗到胆道镜取石或者激光超声，微波破碎石等等其他的方式。