东晋的首都曾经有过多次变迁。最初的东晋首都建立在建康（今南京市）一带，这也是东晋最为繁荣的时期。不过，在南北朝时期，东晋被北方的鲜卑族入侵，建康失守，东晋皇帝司马睿被迫迁都到了南昌（今江西南昌市）。

随后，东晋又多次迁都，先后在武昌（今湖北武汉市）、建业（今江苏扬州市）、庐江（今安徽合肥市）等地设立过都城。最终，东晋在南北朝时期的最后一位皇帝孝武帝司马曜迁都到了南京（当时称为建康），并在此建立了东晋的政治中心和文化中心。南京成为了东晋的最后一座都城，也是东晋的首都所在地。