肛窦炎的治疗主要就是以肛门局部的用药为主，可以使用中药或者是康复新液进行保留灌肠。同时配合药膏和药栓直肠内给药。在进行药物治疗的同时，尽量去除外来的不良因素影响，避免久坐、久蹲、久站的情况。在饮食上避免辛辣刺激性的饮食，避免油炸的食品。一定要养成定时排大便的习惯，减少大便干燥对肛窦的刺激。肛窦炎经过药物治疗以后，症状如果不改善，甚至是顺着肛门周围的间隙发生了进一步的感染，形成肛门周围的脓肿，可以通过手术的方法进行治疗，术后按时换药。