尿液是咖啡色可能与泌尿系统结石有关系，以及炎症刺激、泌尿系统肿瘤等。一、泌尿系统结石，比如肾盂、肾结石、输尿管结石、膀胱结石等，结石排出的过程中，就会引起尿路黏膜的损伤。二、也可能存在肾盂肾炎、肾小球肾炎、尿道炎、膀胱炎、泌尿系统结核等疾病，炎症会引起尿路黏膜水肿出血。三、泌尿系统的恶性肿瘤，例如肾盂癌、膀胱癌等肿瘤在生长的过程中，血管破裂，表现出无痛性的间歇性血尿。所以需要做尿常规，以及泌尿系统彩超的检查，根据检查的结果。轻微的患者可以药物治疗，严重的患者要及时的手术。