益生菌最好是在饭后吃，一般是在饭后半个小时左右进食，因为益生菌是活的病原生物，胃肠道当中的胃酸，或者是胆汁都可以对益生菌起到灭活的作用，为了保证吃进体内益生菌能保持药效，可以避免胃酸和胆汁的灭火，建议益生菌在饭后使用。抗生素是可以杀灭益生菌的，所以当抗生素和益生菌药同时服用的时候，两者要间隔开，至少在抗生素使用之后2到3个小时，再使用益生菌。目前摄入的益生菌是不可能完全定植在肠道当中的，一般进入肠道益生菌一个星期左右即可排出体外，所以目前认为益生菌是安全的。