引起结肠炎的原因有很多，常见的有免疫紊乱、环境因素、感染因素以及遗传因素等。结肠炎尤其是溃疡性结肠炎，属于自身免疫性的疾病，有可能与免疫因素有关，免疫异常是造成炎症和损伤的内在因素，容易激发一系列抗原特异性免疫反应与炎症变化。有时肠道菌群整体或其产物在结肠炎的发病中起到重要作用，临床上发现5%-15%的患者血缘亲属患有结肠炎，遗传因素可能是结肠炎形成的一个重要因素，有时肠道感染也会导致炎症性的病变。