阴囊上长小水疱需要通过专业检查确定病因，然后进行针对性的治疗：1.如果是单纯疱疹病毒造成的生殖器疱疹，则必须及时进行抗病毒治疗，首先使用外用抗病毒药膏进行2周的治疗，在这期间还需要注射1~2个月的干扰素，将体内存在的病毒完全祛除，从而达到彻底治疗的目的。2.阴囊湿疹。阴囊是比较私密的地方，长时间处于潮湿、不透气环境中，很容易发生湿疹问题，需要用温盐水或者专用的洗剂对其进行清洁，之后将软膏涂抹在病灶部位，2~4周就能康复。